Çok eski zamanlardan beri insanların ve hayvanların tedavisi için ilaçlar kullanılır. Şifalı otların tarihinde bazı bitki ve minerallerin tedavi edici gücü tanımlanmıştır. Bitkilerin ve bazı maddelerin tedavi edici güçlerine olan inanış yalnız geleneksel bilgilere dayanır, bunlar ciddi incelemelere dayanmayan ampirik bilgilerdir.

Cladius Galen (129-200 MS) farmakolojinin kuramsal birikimini dikkate alan ilk kişidir. Hem teori ve hem de pratik deneyim rasyonel ilaç kullanımına, gözlem ve deneyle elde edilmiş olan bulguları açıklayarak aynı oranda katkıda bulunmaktadır.

“Ampristler her şeyin deney yoluyla bulunacağını söylerler. Buna karşın biz bir kısmının deneyim, bir kısmının da teori yoluyla bulunacağını iddia ederiz. Ne deneyim ne de teori her şeyin keşfi için tek başlarına yeterli değildir.”

Theophrastus von Hohenheim (1493-1541 MS), Paracelsus olarak da bilinir. Orta çağa ait ilaç karışımlarını ve rasyonel olmayan terkipleri reddederken, reçetelenen bir ilaç içindeki etkin maddenin (lerinin) bilinmesi gereğini ileri sürerek, eski zamanlardan gelen öğretileri sorgulamaya başlamıştır. Kimyasal olarak tanımlanan maddeleri öyle büyük bir başarıyla kullanmıştır ki mesleki karşıtları hakkında zehir hazırladığı iddiasıyla dava açmışlardır. Bu tür suçlamalara karşı kendini farmakolojinin temel kavramlarından biri haline gelen şu tez ile savunmuştur;

“Eğer herhangi bir zehiri tam olarak açıklamak istiyorsanız, be zehir değildir? Her şey zehirdir, zehir olmayan hiçbir şey yoktur, yalnız doz bir şeyin zehir olmadığını belirler.”

Johann Jakop Webfer (1620-1695) farmakolojik veya toksikolojik etkiler hakkında ileri sürülenleri iddiaları hayvan deneyleriyle ilk kez ispatlayan kişidir.

“Ben uzun süre düşündüm, sonunda sorunları deneyler yoluyla çözdüm.”

Rudolf Bucheim (1820-1879) ilk farmakoloji enstitüsünü Dorpat Üniversitesinde (Tartu, Estonia) 1847 yılında kurmuş, farmakolojinin bağımsız bir disiplin olarak tanınmasını sağlamıştır. Etkilerin tanımlanmasının yanısıra ilaçların kimyasal yapılarının açıklanması İçin de çalışmıştır.

“Tıp bilimi teorik yani açıklayıcı bir bilimdir. Bize bilgi verir. Bu bilgilerle hasta başında ilaçların kullanımı hakkında kararlar verebiliriz.”

Oswald Schmiedeberg (1838-1921) bir çok idari görevinin (bunların 12 tanesi farmakoloji bölümü başkanlığı idi) yanı sıra, farmakolojinin saygınlığının artmasına katkıda bulunmuştur. Yapı-aktivite ilişkisi, ilaç reseptörü ve selektif toksisite gibi temel kavramlar sırasıyla İskoçya’da T. Frazer (1841-1921), İngiltere’de J. Langley (1852-1925) ve Almanya’da P. Erlich (1854-1915)’in çalışmalarıyla ortaya konmuştur. İngiltere’de Alexander J. Clark 1920’nin başlarında Kitle - Etkisi Yasasını ilaç reseptör etkileşmesine uygulayarak reseptör teorisini ilk kez ortaya koymuştur. Bernhard Naunyn (1893-1925) ile birlikte, Schmiederg ilk farmakoloji dergisini çıkarmıştır ve halen sürekli ve kesintisiz olarak yayınlanmaktadır. “Amerikan Farmakolojisinin Babası” John J. Abel (1857-1938) Schmiedeberg’in laboratuvarında eğitim gören ilk Amerikalılar arasındadır ve “Journal of Pharmacology and Experimental Therapeutics”in kurucusudur. (1909’dan bu yana yayınlanmaktadır.)

Bugünkü Durum
1920’den sonra, farmakoloji laboratuvarları üniversite dışında, farmasötik endüstriye sıçramıştır. 1960’tan sonra da birçok üniversitede ve endüstride klinik farmakoloji bölümleri kurulmuştur.